Medaka Box sigue a Medaka Kurokami, una estudiante prodigio y presidenta del consejo estudiantil, que crea una caja de sugerencias para resolver cualquier problema de sus compañeros. Junto a su amigo Zenkichi Hitoyoshi y otros miembros del consejo, enfrenta desafíos cada vez más absurdos y sobrenaturales, desde peleas escolares hasta torneos con habilidades especiales. Los lectores disfrutan de su combinación de comedia exagerada, acción intensa y parodia de los shonen, además del carisma de Medaka, su determinación inquebrantable y el desarrollo de personajes excéntricos que subvierten las expectativas del género.