Brynhildr in the Darkness cuenta la historia de Ryota Murakami, un estudiante de secundaria que investiga la muerte de una amiga de la infancia. Años después, conoce a Kuroha Neko, una chica con extraños poderes que se parece a su amiga fallecida. La trama sigue a Ryota mientras se involucra con un grupo de chicas que son experimentos escapados de un laboratorio, enfrentando peligros, conspiraciones y la trágica realidad de sus vidas fugaces. Los lectores disfrutan de su mezcla de drama emocional, acción y ciencia ficción, con un tono oscuro que explora la lealtad, el sacrificio y la esperanza en medio de la desesperación.