Boku wa Mari no Naka cuenta la historia de un chico llamado Isao, un estudiante de secundaria solitario y hosco, que de repente se despierta un día dentro del cuerpo de Mari, la chica más popular y querida de su clase. Atrapado sin saber cómo ocurrió el intercambio ni cómo revertirlo, debe navegar la vida escolar desde una perspectiva completamente nueva, lidiando con la personalidad y las relaciones de Mari mientras descubre secretos sobre ella, sobre sus propios compañeros y sobre el acoso que sufre una amiga cercana de ella. Los lectores disfrutan de este manga por su intrigante premisa de intercambio de cuerpos, su exploración de la identidad de género y la empatía, y el drama psicológico que surge al ver el mundo a través de los ojos de otra persona, mezclando misterio con un profundo desarrollo de personajes.